Ο Παναγιώτης Γρηγορίου είναι Καθηγητής Ευρωπαϊκής Ολοκλήρωσης στο Πανεπιστήμιο Αιγαίου (από το 2001, μέλος του ακαδημαϊκού προσωπικού του Πανεπιστημίου). Κάτοχος Ευρωπαϊκής Έδρας Jean Monnet (2002-2009) και προσωποπαγής θέσης Ευρωπαϊκής Έδρας Jean Monnet (2010-2013). Διευθυντής του μεταπτυχιακού προγράμματος «Ευρωπαϊκή Ολοκλήρωση και Ευρωπαϊκές Κοινωνίες» κατά την περίοδο 2008-2011. Από το 2013, συντονιστής της Ευρωπαϊκής Ενότητας Jean Monnet «Ευρωπαϊκή Ιθαγένεια και Θεμελιώδη Δικαιώματα» και από το 2015, συντονιστής της Ευρωπαϊκής Ενότητας Jean Monnet «Ευρωπαϊκά Οικονομικά και ζητήματα κοινωνικής συνοχής».
Ιδρυτής και συντονιστής του Διεθνούς Θερινού Σχολείου για την ευρωπαϊκή διακυβέρνηση, που διοργανώθηκε από το Πανεπιστήμιο Αιγαίου στο νησί της Λέσβου (Ελλάδα) από το 2013. Κατά την περίοδο 2013-2014, Πρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου της ECSA-Ελλάδα, για την περίοδο 2015-2016 Αντιπρόεδρος και για την περίοδο 2004-2007 μέλος, την περίοδο 2007-2010 ταμίας και την περίοδο 2010-2013 Γενικός Γραμματέας. Κατά την περίοδο 2010-2013, αξιολογητής του προγράμματος Erasmus Mundus. Από το Σεπτέμβριο του 2014 είναι Κοσμήτορας της Σχολής Κοινωνικών Επιστημών (Πανεπιστήμιο Αιγαίου). Από το 2013, είναι υπεύθυνος για το Διεθνές Θερινό Σχολείο που διοργανώνεται στο νησί της Λέσβου με θέμα «Ευρωπαϊκή Διακυβέρνηση: Μια νέα κυβέρνηση τέχνης».